PCR实验具有较高灵敏度，因此微量外源核酸也可能影响结果。常见风险包括样本处理时产生的气溶胶、移液器或台面残留，以及扩增前后区域和物品混用。

实验室通常应明确试剂准备区、样本处理区和扩增分析区，并尽量保持人员与物品单向流动。移液器、工作服和清洁用品应分区配置，使用带滤芯吸头也有助于降低污染机会。

建立日常清洁、阴性对照和异常结果复核机制，可以帮助及时发现问题。若出现污染迹象，应暂停相关操作，排查批次、环境和操作环节后再恢复实验。